甘肅農業大學林學院始于1958年創建的林學系，林學院成立于1986年，是學校唯一經甘肅省人民政府批準成立的二級學院。現設林學、水土保持與荒漠化防治、園林三個系及園林與水土保持規劃設計研究院。

林學院具有水土保持與荒漠化防治博士學位授權點。擁有林學一級學科碩士學位授予權，下設森林培育、林木遺傳育種、水土保持與荒漠化防治、野生動植物保護與利用和林業專業碩士學位授權點。林學屬于甘肅省重點學科，水土保持與荒漠化防治是國家級特色專業。

林學院有森林資源培育與保護實驗教學中心，下設12個功能實驗室、3個標本室、2個人工氣候室、3個校內實訓園和12個校外實踐教學基地，其中樹木標本室已加入中國植物標本館網絡，并被國際植物分類學會注冊認可，國際代碼為GAUF。

林學院現有教職工55人，其中教授9人，副教授18人。有博士28人，93%的教師具有碩士以上學位。有“國家突出貢獻中青年專家”1人，國家“百千萬人才工程”1人，教育部高等學校教學指導委員會委員1人，農業部教材建設專家委員會委員1人，甘肅省跨世紀學術帶頭人1人，“333”、“555”創新人才4人，甘肅省領軍人才2人，甘肅省優秀教師“園丁獎”1人，甘肅省“林果產業”首席專家1人，甘肅省高等學校教學指導委員會委員1人，校內外博士生導師6人、碩士生導師42人。

林學院有《林木遺傳育種學》、《園林樹木學》2門甘肅省省級精品課程。近五年，林學院主持國家自然科學基金、國家星火科技等科研項目60余項，獲得國家專利18項，省部、廳局級科技進步獎、教學成果獎15項；專著10部，主（參）編教材18部；在國家和省級權威刊物上發表學術論文400余篇。

林學院面向全國招收林學、水土保持與荒漠化防治、園林和風景園林4個全日制本科專業學生，開設“林學”、“園林”兩個本科高等教育自學考試應用型專業。現有各類在讀學生2041人，其中博士研究生18人，碩士研究生245人，全日制本科生1080人。林學院設有“錢學森沙產業獎學金”、“林業獎學金”等專項資助。近三年，學生申請SRTP項目130余項，有8人獲國家獎學金（8000元/人），156人獲國家勵志獎學金（5000元/人），1300多名家庭經濟困難學生受到資助。建有“馨園協會”等特色學生社團。近三年，本科專業就業率平均94%。