安徽中醫(yī)藥大學(xué)創(chuàng)建于1959年，其前身為1952年創(chuàng)立的安徽省中醫(yī)進(jìn)修班。1959年，安徽省政府正式批準(zhǔn)成立安徽中醫(yī)學(xué)院。1970年，安徽中醫(yī)學(xué)院并入安徽醫(yī)學(xué)院。1975年，國家教育部批準(zhǔn)恢復(fù)安徽中醫(yī)學(xué)院。2000年，安徽省醫(yī)藥學(xué)校并入安徽中醫(yī)學(xué)院。2011年，省政府批準(zhǔn)在安徽中醫(yī)學(xué)院的基礎(chǔ)上組建成立安徽省中醫(yī)藥科學(xué)院。2013年，教育部同意安徽中醫(yī)學(xué)院更名為安徽中醫(yī)藥大學(xué)。學(xué)校是“中西部高校基礎(chǔ)能力建設(shè)工程”項目高校，是安徽省“地方特色高水平”大學(xué)建設(shè)高校。
學(xué)校是國家中醫(yī)臨床研究基地、國家中藥現(xiàn)代化科技產(chǎn)業(yè)（安徽）基地、國家中醫(yī)藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地，國家博士授權(quán)單位、碩士研究生推薦免試單位。現(xiàn)占地總面積1269.68畝，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四個校區(qū)。圖書館藏書207.16萬冊，古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點(diǎn)保護(hù)單位”。中藥資源中心臘葉標(biāo)本室儲藏了15萬余份藥用植物臘葉標(biāo)本，是全國醫(yī)藥院校珍藏標(biāo)本最豐富的標(biāo)本室。新安醫(yī)學(xué)文化中心是安徽省中醫(yī)藥文化宣傳教育基地。
學(xué)校現(xiàn)有全日制在校生18446人（其中博士、碩士3037人），有16個二級院部（含3所直屬附屬醫(yī)院），7所非直屬附屬醫(yī)院。現(xiàn)有教職工4474人，其中副高以上職稱人員961人。有國醫(yī)大師2人，岐黃學(xué)者1人，全國名中醫(yī)2人，青年岐黃學(xué)者2人，皖江學(xué)者1人，青年皖江學(xué)者1人，國家名老中醫(yī)學(xué)術(shù)經(jīng)驗項目指導(dǎo)教師56人，享受國務(wù)院特殊津貼26人、省政府特殊津貼12人，安徽省高校領(lǐng)軍人才5人，安徽省學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人16人、后備人選13人，安徽省中醫(yī)藥領(lǐng)軍人才11人，安徽省領(lǐng)軍人才團(tuán)隊3個，博士生導(dǎo)師90人，碩士生導(dǎo)師725人，博士后流動工作站2個。有來自國內(nèi)外的64名知名專家學(xué)者擔(dān)任學(xué)校客座教授。2020年新增省“115”產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團(tuán)隊8個。
學(xué)校現(xiàn)有27個本科專業(yè)，4個國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，10個省級一流專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，8門國家級一流本科課程。有3個一級學(xué)科博士學(xué)位授予點(diǎn)，1個博士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，6個一級學(xué)科碩士學(xué)位授予點(diǎn)，27個二級學(xué)科碩士學(xué)位授予點(diǎn)，4個碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。有安徽省Ⅱ類高峰學(xué)科1個，安徽省Ⅲ類高峰學(xué)科1個，安徽省學(xué)科建設(shè)重大項目2個，國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科17個，安徽省A類重點(diǎn)學(xué)科1個，安徽省B類重點(diǎn)學(xué)科12個。有國家臨床重點(diǎn)專科7個，國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)專科21個。
學(xué)校以人才培養(yǎng)為第一要務(wù)，學(xué)校現(xiàn)有2個國家級教學(xué)團(tuán)隊，23個省級教學(xué)團(tuán)隊，2個國家級實(shí)驗教學(xué)示范中心，1個國家級專業(yè)綜合改革試點(diǎn)項目，2個國家級卓越醫(yī)生（中醫(yī)）教育培養(yǎng)計劃，2位國家中醫(yī)藥高等學(xué)校教學(xué)名師。獲國家級、省級質(zhì)量工程項目600余項，國家級教學(xué)成果一等獎1項、二等獎3項，省級教學(xué)成果特等獎5項、一等獎13項。
學(xué)校注重彰顯辦學(xué)特色，設(shè)立大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技創(chuàng)新與創(chuàng)業(yè)基金和贏卓獎學(xué)金，開展“百人獲獎、千人參與、萬人受益”的大學(xué)生知識技能競賽，如“挑戰(zhàn)杯”“互聯(lián)網(wǎng)+”“創(chuàng)新、創(chuàng)意及創(chuàng)業(yè)”等各級各類競賽活動。近三年，共有千余人次獲省部級以上表彰和獎勵400余項，其中國家級賽事獲獎129項（含國家級A類賽事一等獎4項）。學(xué)校重視實(shí)踐育人，榮獲全國大中專學(xué)生志愿者暑期“三下鄉(xiāng)”社會實(shí)踐活動優(yōu)秀單位、中國青年志愿服務(wù)項目大賽銅獎。學(xué)校近5年畢業(yè)生平均就業(yè)率在94%以上。
學(xué)校大力推進(jìn)科技強(qiáng)校戰(zhàn)略，近5年共承擔(dān)各級科研項目近2000項，其中國家級項目近200項，2017年學(xué)校獲批國家重點(diǎn)研發(fā)計劃，2019、2020連續(xù)兩年實(shí)現(xiàn)國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項目立項突破，主持承擔(dān)區(qū)域創(chuàng)新發(fā)展聯(lián)合基金。2016年以來，獲省部級以上科技獎勵47項，其中國家科學(xué)技術(shù)二等獎1項，省部級一等獎5項；發(fā)表高水平科研論文800余篇，其中中科院二區(qū)以上論文200余篇；獲授權(quán)發(fā)明專利60余項。現(xiàn)有12個省級科技創(chuàng)新團(tuán)隊，27個省部級以上科技創(chuàng)新平臺，另與科研院所、企業(yè)等單位共建有18個省部級以上科技創(chuàng)新平臺。
學(xué)校不斷加強(qiáng)產(chǎn)學(xué)研合作，與黃山、亳州、六安等15個市縣人民政府及一大批國內(nèi)知名中醫(yī)藥企業(yè)簽訂合作協(xié)議，建有50余個產(chǎn)學(xué)研合作基地。學(xué)校緊跟地方建設(shè)需求，圍繞以中醫(yī)藥為主的科技開發(fā)和科技服務(wù)，加強(qiáng)與地方政府和相關(guān)企業(yè)多層次、多方位、多模式的全面合作，開展科技攻關(guān)、企業(yè)新產(chǎn)品開發(fā)、技術(shù)咨詢與服務(wù)等方面合作，并制定相關(guān)政府中藥材發(fā)展規(guī)劃。建立了安徽省中藥材科技產(chǎn)業(yè)戰(zhàn)略聯(lián)盟，獲“全國科技特派員工作先進(jìn)集體”、“中醫(yī)藥科技管理工作先進(jìn)集體”、“推動中醫(yī)藥學(xué)術(shù)發(fā)展特別貢獻(xiàn)獎”等稱號和榮譽(yù)。
2016年以來，為地方政府制定發(fā)展規(guī)劃10余項；承擔(dān)了200余項校企合作課題，年均橫向合作科研經(jīng)費(fèi)超1000萬元，與企業(yè)共建科技合作平臺15個；作為主要技術(shù)支撐單位參與推進(jìn)“十大皖藥”產(chǎn)業(yè)示范基地建設(shè)；指導(dǎo)亳州、六安、黃山、池州、宣城、滁州、安慶、阜陽等地區(qū)藥農(nóng)中藥材種植，受益人群上萬人。實(shí)現(xiàn)學(xué)校優(yōu)勢學(xué)科與地方產(chǎn)業(yè)布局的有效對接，在提升企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新力的同時，帶動地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展。
學(xué)校與美國、澳大利亞、德國、希臘、馬來西亞、日本等20多個國家和地區(qū)的40多個醫(yī)療和教育機(jī)構(gòu)建立了友好合作關(guān)系。先后有10多個國家和地區(qū)的學(xué)員來校攻讀博士、碩士、學(xué)士學(xué)位以及參加中短期培訓(xùn)。
學(xué)校注重提升醫(yī)療服務(wù)水平，第一附屬醫(yī)院是全省最大的三級甲等綜合性中醫(yī)醫(yī)院；第二附屬醫(yī)院是全國首家也是規(guī)模最大的三級甲等針灸專科醫(yī)院；第三附屬醫(yī)院是國家第三批重點(diǎn)建設(shè)的中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院；國醫(yī)堂是一所以純中醫(yī)方式為主要醫(yī)療手段的醫(yī)療單位。
目前，學(xué)校已發(fā)展成一所以中醫(yī)藥學(xué)科為主，相關(guān)學(xué)科協(xié)調(diào)發(fā)展，辦學(xué)層次齊全，中醫(yī)藥特色鮮明的高等中醫(yī)藥院校。面向未來，學(xué)校將繼續(xù)堅持“質(zhì)量立校、人才興校、科技強(qiáng)校、文化塑校、依法治校、開放榮校”六大戰(zhàn)略，著力培育“精誠是新”中醫(yī)藥人才，構(gòu)筑安徽中醫(yī)藥協(xié)同創(chuàng)新高地，引領(lǐng)安徽中醫(yī)藥事業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展，建成國內(nèi)有實(shí)力、省內(nèi)高水平、行業(yè)有影響的中醫(yī)藥特色鮮明的地方高水平大學(xué)，為建設(shè)現(xiàn)代化五大發(fā)展美好安徽、服務(wù)人民大眾健康做出更大貢獻(xiàn)。