中國中醫科學院的歷史可以追溯到1973年。當時經全國著名中醫學家岳美中教授的積極申請創建了全國中醫研究班。1978年舉辦了全國首屆中醫研究生班。1984年正式成立研究生部。2005年，經國家中醫藥管理局批準成為中醫藥行業第一所研究生院。

作為培養高層次中醫藥人才的重要基地，中國中醫科學院現有中醫學、中藥學、中西醫結合三個一級學科所涵蓋的所有學科專業的博士、碩士授予權，具有臨床醫學專業學位授予權和在職人員申請學位的資質；設有中西醫結合、中醫學、中藥學三個一級學科的博士后工作站。

多年來，中國中醫科學院在“系統學習，全面掌握，整理提高”方針指引下，充分發揮中國中醫科學院高水平專家云集、科研項目充足、指導教師眾多的優勢，積極開展教育教學改革，著重加強課程體系建設和教學質量的提高，著力培養研究生的創新精神和實踐能力。

到2008年，以全國首屆中醫研究生班為起點的中醫藥學位與研究生教育，迎來三十華誕。三十年來，研究生院共培養了28屆畢業生，為全國和世界各地輸送了眾多的優秀人才。其中大多數已經成為國內外中醫藥機構的學科帶頭人和學術骨干。