基礎醫學院前身為醫療系、基礎醫學部，始建于1952年，1996年底天津醫學院基礎醫學部與原第二醫學院臨床醫學系合并后更名為基礎醫學院。基礎醫學院現設有9個學系,7個教研室,1個基礎醫學實驗教學中心。現有教職工368人，專任教師262人，其中教授68名，副教授81名，博士生導師60名，碩士生導師106名。現有在校生1747人，其中全日制研究生342人（博士研究生108人，碩士研究生234人）;以同等學力申請碩士學位人員99人; 臨床醫學“5+3”444人（含兒科學方向61人）；七年制215人; 基礎醫學76人；臨床醫學五年制483人（含甘南定向培養83人）；麻醉學88人。

學系：病原生物學系精神衛生學系免疫學系人體解剖與組織胚胎學系生理學與病理生理學系生物化學與分子生物學系細胞生物學系藥理學系遺傳學系教研室：病理學教研室超微病理學教研法醫學教研室計算機教研室外科手術學教研室醫學心理學教研室診斷學教研室

人才隊伍：中國科學院院士１人長江學者獎勵計劃特聘教授２人長江學者獎勵計劃青年學者２人國家杰出青年科學基金４人國家優秀青年科學基金３國家衛生計生突出貢獻中青年專家２人百千萬人才工程國家級人選５人教育部新世紀優秀人才支持計劃６人天津市授銜專家１人天津市有突出貢獻專家１人天津市青年拔尖人才項目３人天津市特聘教授14人天津市特聘講座教授３人天津市特聘青年教授１人天津市131創新團隊帶頭人２

學科建設：學院立足國家和天津市“雙一流”建設戰略，作為主要承擔單位參與國家層面一流學科建設,形成了結構優化、方向凝練、重點突出的學科體系群。 天津市一流學科：生物學、免疫學、病理學與病理生理學天津市高等學校第五期重點建設學科：心血管和代謝性疾病的基礎與臨床、免疫學與生物化學天津醫科大學一流學科：心血管和代謝性疾病的基礎與臨床、免疫學與生物化學天津醫科大學特色學科：醫學遺傳學天津醫科大學基本保障學科：人體解剖學與組織胚胎學省部級重點實驗室：免疫微環境與疾病教育部重點實驗室、天津市細胞與分子免疫學重點實驗室、天津市醫學表觀遺傳學重點實驗室 

教育教學：基礎醫學院承擔學校本科21個專業的課程，其中78門必修課，12門限選課、34門專業選修課、34門全校公選課（包括8門新生研討課），以及留學生、繼續教育和臨床醫學院的教學工作，共計39794學時。學院擁有全國優秀教師1名，全國教育系統道德建設標兵1名，天津市教學名師6人，天津市德業雙馨十佳優秀教師1名，獲得天津市教學成果二等獎2項國家級精品課程：醫學微生物學國家級雙語教學示范課程：藥理學、醫學微生物學、病理生理學。國家級來華留學英語授課品牌課程：人體解剖學、生理學、藥理學和病理生理學國家級教學團隊：藥理學教學團隊基礎醫學國家級實驗教學示范中心：基礎醫學實驗教學中心天津市級教學團隊：病理學和遺傳學教學團隊

科學研究：近三年，基礎醫學院承擔省部級及以上課題159項，資助經費逾億元，其中國家重點研發計劃重點項目1項，青年項目1項，子項目9項；國家自然科學基金100項（重點及重大項目7項，優秀青年科學基金項目1項，重點培育項目2項）。學術交流：基礎醫學院擁有“細胞微環境與疾病”、“心血管疾病”2個天津市國際聯合研究中心與英國劍橋大學、美國密歇根大學、奧克拉瑪大學、匹茲堡大學、佐治亞大學，加拿大多倫多大學、馬尼托巴大學，芬蘭坦佩雷大學，瑞典卡洛琳斯卡皇家醫學院等國際知名院校有密切的科研合作關系，并聯合培養青年教師和研究生。