上海財經大學數學學科是隨著上海財經大學的發展而不斷成長起來的，進入新世紀后獲得了快速發展。2000年8月成立應用數學系，2014年7月撤系建院。數學學院下設數學與應用數學和信息與計算數學兩個本科專業，數學與應用數學專業下設財經數學實驗班。2001年開始招收信息與計算科學本科生、概率論與數理統計碩士生。2002年、2004年和2007年，數學與應用數學本科專業、運籌學與控制論和應用數學碩士點相繼開始招生。2002年開始在金融數學與金融工程（二級學科）博士點下招收培養博士生。2011年在統計學（一級學科）博士點下，自主設置應用概率（二級學科）博士點，招收培養博士生；同時設應用概率碩士點，取消原有的概率論與數理統計碩士點。2016年成立“計算科學與金融數據研究中心”。2017年財經數學實驗班開始招生；2017年成功申報并經批準設立數學（一級學科）碩士學位授予權，涵蓋基礎數學、應用數學與計算科學、概率論與數理金融、最優化與控制等二級學科。

數學學院擁有雄厚的師資力量，注重學生的國際化、綜合化培養，與國內外知名高校、研究機構進行學生的聯合培養。

數學學院的畢業生具備深厚的數學基礎知識，同時掌握經濟、金融、管理等應用科學的相關內容，深受用人單位青睞，歷年畢業生就業率均接近100%。

學生就業方向多樣，就業質量高，2017年數學學院國內外升學率近60%，升學高校包括哈佛大學、劍橋大學、倫敦政治經濟學院、哥倫比亞大學、復旦大學等知名學府；研究生畢業生多集中于銀行、證券等金融機構，以及教育、科研機構等。