徐州醫科大學的藥學院始于1997年在江蘇省內率先開設的臨床藥學專業方向；2002年成立臨床藥學系，印曉星教授任首任系主任；2003年開設藥學專業；2005年更名為藥學系；2008年再次更名為藥學院；2009年臨床藥學專業獲批；2011年藥物制劑專業獲批。現擁有藥學、臨床藥學、藥物制劑3個本科專業。

專業建設成效顯著推動藥學學科的發展。2008年，藥學專業成為國家特色專業建設點和江蘇省特色專業。2012年，藥學院的藥學、臨床藥學、藥物制劑3個本科專業組成的藥學類專業獲批成為江蘇省“十二五”重點專業類。2015年，藥學專業成為江蘇省品牌專業。2010年，藥學一級學科獲藥學科學學位碩士授予權，現有藥理學、藥物化學、藥物分析學、藥劑學和臨床藥學5個二級學科碩士點。2013年，藥學學科獲一級學科藥學專業學位碩士授權；2014年，藥學學科成為江蘇省優勢學科——醫藥生物學、藥學生物學二級學科獲得博士學位授予權。

目前，藥學學科有專任教師51人，其中具有博士學位41人，現有教授7名、副教授33名。其中省“333工程”第二層次培養對象1人、第三層次培養對象4人；省“六大人才高峰”培養對象5人；省“青藍工程”中青年學術帶頭人5人、優秀青年骨干教師5人。

近3年，藥學院累計承擔各類科研項目56項，其中國家自然科學基金項目22項，省部級課題18項；在國內外重要學術刊物上發表論文近240篇，其中SCI收錄論文120余篇。

主編《生物藥劑學與藥物動力學》為“十二五”國家級規劃教材和江蘇省級精品教材，主編《臨床藥理學》為中國醫藥科技出版社“十三五”規劃教材；《臨床藥理學》課程也是江蘇省省高校在線開放課程、省級精品課程；《藥學概論》、《藥物色譜分析》為江蘇省研究生優秀課程。

在人才培養方面，“醫藥兼備的臨床藥學人才培養模式的探索與實踐”、“校企協同創新機制下培養藥學應用型創新人才模式的探索與研究”榮獲江蘇省高等教育教學成果二等獎。

藥學院始終發揚“敢想、敢為、創業、創新”的精神，致力于人才培養、科學研究及社會服務。以“以人為本，藥學服務”的現代藥學教育理念為先導，以教學改革、科學研究為重點，力爭把藥學院建設成為立足蘇北、服務江蘇、輻射全國的具有鮮明特色的藥學人才培養基地和科研服務平臺。