生物工程學院前身為輕工業工程系，始建于1981年，是浙江省第一個和全國較早設立生物工程學科和專業的學院。生物工程學院歷經輕工業工程系和生物與環境工程學院，2015年9月成立生物工程學院。現擁有生物工程和生物技術2個本科專業，生物工程一級學科碩士點，生物化工、微生物學、生物化學與分子生物學3個二級學科碩士點，生物工程、輕工技術與工程2個專業學位碩士點，生物化工博士點，已形成本科—碩士—博士完整的人才培養體系。

生物工程學院現有教職工81人，其中中國工程院院士2人，具有高級專業技術職務的教師41人，聘用海外知名高校的客座教授10余人，具有博士學位和海外留學、工作經歷的專任教師分別達到90%和50%。目前在校本科生450余人，碩、博研究生300余人。生物工程學院已培養畢業生2500余人，一大批畢業生在海內外高等學校、科研院所、企事業單位擔任了重要的管理和技術職務，起到了骨干作用，為經濟、社會發展做出了積極的貢獻。

生物工程學院是我校國家首批“2011計劃”長三角綠色制藥協同創新中心、國家化學原料藥合成工程技術研究中心的主導學院，是綠色化學合成技術國家重點實驗室培育基地的主體學院。建有國家“2011計劃”長三角綠色制藥協同創新中心生物技術制藥分中心、國家化學原料藥合成工程技術研究中心生物制藥分中心、綠色化學合成技術國家重點實驗室培育基地生物合成技術實驗室、生物轉化與生物凈化教育部工程研究中心、生物有機合成技術研究浙江省重點實驗室、石油和化工行業藥用化學品生物催化重點實驗室、手性生物制造浙江省工程實驗室、可再生資源利用與加工國家級實驗教學示范中心、生物基礎浙江省實驗教學示范中心等一批國家、省部級教學與科研平臺。生物工程學院建有“微生物發酵和生物催化”浙江省首批重點科技創新團隊，同時是“生物凈化和生物轉化”教育部創新團隊、“三藥”浙江省創新團隊的主要成員。

生物工程一級學科列入浙江省“一流學科建設計劃”（A類）和浙江省“重點高校建設計劃”第一批重點建設學科。生物化工學科是浙江省重中之重學科，位列《中國研究生教育及學科專業評價報告2015-2016》學科排行榜第7位。生物工程專業是國家特色專業和浙江省優勢專業，于2017年通過了中國工程教育專業認證協會組織的工程教育認證，生物技術專業是浙江省新興特色專業。《微生物學》、《生物工程設備》是國家精品課程和國家精品資源共享課，《生物鐘與健康》是國家精品視頻公開課，《微生物學》、《生物化學》、《基因工程技術》、《生物工程設備》是浙江省精品課程。

近年來，生物工程學院承擔了國家重大基礎研究計劃（973計劃）課題、國家高科技發展計劃（863計劃）課題、國家重大科技專項、國家科技支撐計劃項目、國家自然科學基金、浙江省自然科學基金重點項目、杰出青年基金項目和浙江省科技重大專項等國家級、省部級項目近100項，同時也承擔了企業委托和合作開發的重大產業化項目20余項，發表SCI、EI收錄論文600余篇，授權國家發明專利200余項，建成工業化生產裝置和生產線20多條，生物工程學院研發的項目獲國家技術發明二等獎2項、國家科技進步二等獎1項、中國專利優秀獎1項、省部級科學技術一等獎6項、省部級科學技術二等獎3項。生物工程學院完成的2項教學成果獲得了浙江省教學成果二等獎。

生物工程學院廣泛開展對外交流與合作，已與美國、德國、日本、加拿大、澳大利亞、比利時等諸多海外院校建立了全面合作關系。