廣州醫(yī)科大學于1985年開始招收培養(yǎng)研究生；2001年，經國務院學位委員會批準，廣州醫(yī)科大學成為廣東省首個擁有博士學位授予單位的市屬高校。廣州醫(yī)科大學歷年來十分重視研究生教育的培養(yǎng)和管理。1999年，廣州醫(yī)科大學成立研究生處；后為適應新形勢下研究生教育的發(fā)展，進一步提高研究生培養(yǎng)質量，研究生處先后更名為研究生部、研究生學院，并于2014年在廣州醫(yī)科大學研究生教育開展30周年之際，研究生學院正式更名為研究生院。

廣州醫(yī)科大學具備碩士研究生推免資格，現(xiàn)有的研究生教育涵蓋碩士生教育（含同等學力人員申請碩士學位）和博士生教育，擁有一級學科博士授權點1個（臨床醫(yī)學，涵蓋20個二級學科，包括自設臨床病理學與病理生理學和臨床藥理學兩個學科），一級學科學術學位碩士授權點6個（臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、中西醫(yī)結合、護理學、管理科學與工程），涵蓋二級學科碩士授權點37個；獨立學術學位二級學科2個（藥理學、生物化學與分子生物學）；專業(yè)碩士學位授權點4個（臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生、藥學），碩士點學位授予包括了醫(yī)學博士、醫(yī)學碩士、臨床醫(yī)學專業(yè)碩士、理學碩士和管理學碩士等5個學位類型。此外，廣州醫(yī)科大學還擁有國家重點學科1個，省級（部級）一級重點學科1個，二級重點學科4個，市級重點學科10個，這一系列重點學科的建設都有力地推動了廣州醫(yī)科大學對研究生的教育和培養(yǎng)。

經過三十多年的發(fā)展，廣州醫(yī)科大學研究生教育形成了鮮明的辦學特色：（1）產學研一體化培養(yǎng)模式。廣州醫(yī)科大學研究生教育秉承"厚德修身，博學致遠"的校訓，堅持以人為本、理論與實踐相結合的培養(yǎng)原則，實行產學研一體化的人才培養(yǎng)模式，先后建立10個研究生校外培養(yǎng)基地，并與廣州醫(yī)科大學附屬醫(yī)院及多家醫(yī)院結成共建單位，打造"校內上課、醫(yī)院實操"的研究生培養(yǎng)模式，夯實學生的專業(yè)基礎和專業(yè)能力。（2）注重培養(yǎng)具有創(chuàng)新精神和實踐能力的高素質實用型人才。近年來，我校研究生獲得的全國優(yōu)秀博士論文提名、省優(yōu)秀博士學位論文、省優(yōu)秀碩士學位論文的數(shù)量不斷增加，發(fā)表的高水平論文數(shù)量和質量也在不斷提高；在全國各類競賽和社會實踐活動中，如挑戰(zhàn)杯和廣東省大學生校園文化藝術節(jié)等，我校研究生屢獲佳績。（3）重視對外學術和教育交流合作。目前，廣州醫(yī)科大學已啟動了與臺灣、英國大學合作培養(yǎng)研究生的辦學模式；并先后與美國、法國、英國、韓國、澳大利亞、香港、臺灣等國（境）內外高等院校和研究部門開展合作辦學和學術交流活動，每年都選派優(yōu)秀研究生出國學習和進行科研交流活動。此外，一批國外著名高校專家被我校聘為特聘教授、名譽教授或客座教授，不定期為我校研究生傳道授業(yè)，推動了廣州醫(yī)科大學研究生教育與國際接軌。