安徽醫(yī)科大學(xué)研究生學(xué)院成立于2003年10月，前身是1997年3月成立的研究生部。2003年12月成立學(xué)院黨總支，2015年10月設(shè)立研究生學(xué)院黨委。2017年10月，安徽醫(yī)科大學(xué)黨委設(shè)研究生工作部，與研究生學(xué)院合署辦公，負責(zé)安徽醫(yī)科大學(xué)研究生黨建和思想政治教育工作，組織實施校黨委有關(guān)決策部署，指導(dǎo)各研究生培養(yǎng)單位的研究生教育管理工作。研究生學(xué)院黨委改為直屬黨支部。

安徽醫(yī)科大學(xué)研究生管理實行以“培養(yǎng)單位為主體”的管理模式，注重發(fā)揮“校-院-學(xué)科（導(dǎo)師）”三級管理的作用。目前，研究生學(xué)院（黨委研究生工作部）設(shè)有黨政辦公室、招生辦公室、培養(yǎng)辦公室、研究生思想政治教育辦公室、研究生管理辦公室5個科室，學(xué)院現(xiàn)有職工13人。

安徽醫(yī)科大學(xué)1956年經(jīng)衛(wèi)生部、教育部批準(zhǔn)開始招收研究生。1990年經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)為博士學(xué)位授權(quán)單位，成為第一個具有博士學(xué)位授予權(quán)的省屬高校。1996年經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)獲準(zhǔn)開展在職人員申請碩士學(xué)位工作。1998年經(jīng)教育部批準(zhǔn)，可以招生港澳臺研究生。現(xiàn)擁有臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)2個博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點，共26個博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科點，有10個碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點，72個碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科點，設(shè)有臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)3個博士后科研流動站，具有臨床醫(yī)學(xué)博士、臨床醫(yī)學(xué)碩士、公共衛(wèi)生碩士、口腔醫(yī)學(xué)碩士、藥學(xué)碩士和中藥學(xué)碩士六個類別專業(yè)學(xué)位授予權(quán)。截至2017年上半年，在校統(tǒng)招博士生171人、統(tǒng)招碩士生3381人。另有港澳臺自費兼讀制研究生31人。共有博士生導(dǎo)師152人、碩士生導(dǎo)師近1300人。參與研究生招生、培養(yǎng)的二級培養(yǎng)單位達59個，其中直屬培養(yǎng)單位14個、非直屬培養(yǎng)單位45個。

展望“十三五”，研究生學(xué)院將在校黨委和行政的正確領(lǐng)導(dǎo)下，樹立科學(xué)發(fā)展觀，圍繞安徽醫(yī)科大學(xué)“建設(shè)高水平教學(xué)研究型醫(yī)科大學(xué)”的目標(biāo)，按照安徽醫(yī)科大學(xué)“十三五”發(fā)展規(guī)劃要求，統(tǒng)籌協(xié)調(diào)規(guī)模、結(jié)構(gòu)、質(zhì)量與效益，在穩(wěn)步擴大規(guī)模的同時，重點強調(diào)內(nèi)涵建設(shè)和質(zhì)量提升，努力推動研究生教育工作再上新臺階。