廣州醫(yī)科大學(xué)于1985年開始招收培養(yǎng)研究生；2001年，經(jīng)國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)，廣州醫(yī)科大學(xué)成為廣東省首個(gè)擁有博士學(xué)位授予單位的市屬高校。廣州醫(yī)科大學(xué)歷年來十分重視研究生教育的培養(yǎng)和管理。1999年，廣州醫(yī)科大學(xué)成立研究生處；后為適應(yīng)新形勢(shì)下研究生教育的發(fā)展，進(jìn)一步提高研究生培養(yǎng)質(zhì)量，研究生處先后更名為研究生部、研究生學(xué)院，并于2014年在廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育開展30周年之際，研究生學(xué)院正式更名為研究生院。

廣州醫(yī)科大學(xué)具備碩士研究生推免資格，現(xiàn)有的研究生教育涵蓋碩士生教育（含同等學(xué)力人員申請(qǐng)碩士學(xué)位）和博士生教育，擁有一級(jí)學(xué)科博士授權(quán)點(diǎn)1個(gè)（臨床醫(yī)學(xué)，涵蓋20個(gè)二級(jí)學(xué)科，包括自設(shè)臨床病理學(xué)與病理生理學(xué)和臨床藥理學(xué)兩個(gè)學(xué)科），一級(jí)學(xué)科學(xué)術(shù)學(xué)位碩士授權(quán)點(diǎn)6個(gè)（臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、護(hù)理學(xué)、管理科學(xué)與工程），涵蓋二級(jí)學(xué)科碩士授權(quán)點(diǎn)37個(gè)；獨(dú)立學(xué)術(shù)學(xué)位二級(jí)學(xué)科2個(gè)（藥理學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)）；專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)4個(gè)（臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生、藥學(xué)），碩士點(diǎn)學(xué)位授予包括了醫(yī)學(xué)博士、醫(yī)學(xué)碩士、臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)碩士、理學(xué)碩士和管理學(xué)碩士等5個(gè)學(xué)位類型。此外，廣州醫(yī)科大學(xué)還擁有國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)，省級(jí)（部級(jí)）一級(jí)重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)，二級(jí)重點(diǎn)學(xué)科4個(gè)，市級(jí)重點(diǎn)學(xué)科10個(gè)，這一系列重點(diǎn)學(xué)科的建設(shè)都有力地推動(dòng)了廣州醫(yī)科大學(xué)對(duì)研究生的教育和培養(yǎng)。

經(jīng)過三十多年的發(fā)展，廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育形成了鮮明的辦學(xué)特色：（1）產(chǎn)學(xué)研一體化培養(yǎng)模式。廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育秉承"厚德修身，博學(xué)致遠(yuǎn)"的校訓(xùn)，堅(jiān)持以人為本、理論與實(shí)踐相結(jié)合的培養(yǎng)原則，實(shí)行產(chǎn)學(xué)研一體化的人才培養(yǎng)模式，先后建立10個(gè)研究生校外培養(yǎng)基地，并與廣州醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院及多家醫(yī)院結(jié)成共建單位，打造"校內(nèi)上課、醫(yī)院實(shí)操"的研究生培養(yǎng)模式，夯實(shí)學(xué)生的專業(yè)基礎(chǔ)和專業(yè)能力。（2）注重培養(yǎng)具有創(chuàng)新精神和實(shí)踐能力的高素質(zhì)實(shí)用型人才。近年來，我校研究生獲得的全國(guó)優(yōu)秀博士論文提名、省優(yōu)秀博士學(xué)位論文、省優(yōu)秀碩士學(xué)位論文的數(shù)量不斷增加，發(fā)表的高水平論文數(shù)量和質(zhì)量也在不斷提高；在全國(guó)各類競(jìng)賽和社會(huì)實(shí)踐活動(dòng)中，如挑戰(zhàn)杯和廣東省大學(xué)生校園文化藝術(shù)節(jié)等，我校研究生屢獲佳績(jī)。（3）重視對(duì)外學(xué)術(shù)和教育交流合作。目前，廣州醫(yī)科大學(xué)已啟動(dòng)了與臺(tái)灣、英國(guó)大學(xué)合作培養(yǎng)研究生的辦學(xué)模式；并先后與美國(guó)、法國(guó)、英國(guó)、韓國(guó)、澳大利亞、香港、臺(tái)灣等國(guó)（境）內(nèi)外高等院校和研究部門開展合作辦學(xué)和學(xué)術(shù)交流活動(dòng)，每年都選派優(yōu)秀研究生出國(guó)學(xué)習(xí)和進(jìn)行科研交流活動(dòng)。此外，一批國(guó)外著名高校專家被我校聘為特聘教授、名譽(yù)教授或客座教授，不定期為我校研究生傳道授業(yè)，推動(dòng)了廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育與國(guó)際接軌。