吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)研究生教育起步于1953年，是1978年我國(guó)恢復(fù)學(xué)位制度以來(lái)，首批具有招收碩士學(xué)位研究生的院校之一。

目前，學(xué)校已組建88個(gè)二級(jí)學(xué)科，涉及農(nóng)學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、醫(yī)學(xué)、管理學(xué)、法學(xué)、教育學(xué)、文學(xué)、經(jīng)濟(jì)、藝術(shù)等10個(gè)學(xué)科門(mén)類(lèi)中的33個(gè)一級(jí)學(xué)科。其中，有7個(gè)一級(jí)學(xué)科博士后科研流動(dòng)站；5個(gè)一級(jí)博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，17個(gè)一級(jí)碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科；22個(gè)二級(jí)博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科（含8個(gè)自主設(shè)置學(xué)科），72個(gè)二級(jí)碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科（含8個(gè)自主設(shè)置學(xué)科）。具有農(nóng)業(yè)推廣碩士、獸醫(yī)碩士、工程碩士、社會(huì)工作碩士、中藥學(xué)碩士等5個(gè)專(zhuān)業(yè)學(xué)位授權(quán)；具有招收中等職業(yè)學(xué)校教師、高等學(xué)校教師在職攻讀碩士學(xué)位授權(quán)；具有為“研究生畢業(yè)同等學(xué)力人員”授予碩士學(xué)位授權(quán)資格。

學(xué)校現(xiàn)有1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)培育學(xué)科；3個(gè)部級(jí)重點(diǎn)學(xué)科；8個(gè)省級(jí)優(yōu)勢(shì)特色重點(diǎn)學(xué)科；2個(gè)省級(jí)優(yōu)勢(shì)特色重點(diǎn)培育學(xué)科，其中國(guó)家發(fā)展與改革委員會(huì)工程實(shí)驗(yàn)室1個(gè)；教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個(gè)，教育部工程中心2個(gè)；科技部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地1個(gè)；農(nóng)業(yè)部創(chuàng)新中心1個(gè)；農(nóng)業(yè)部測(cè)試中心1個(gè)；國(guó)家中醫(yī)藥管理局實(shí)驗(yàn)室1個(gè)；吉林省教育廳重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個(gè)，研究中心4個(gè)；吉林省科技廳重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個(gè)，研究中心1個(gè)，創(chuàng)新中心2個(gè)，研究所1個(gè)，公共服務(wù)平臺(tái)1個(gè)； 吉林省中醫(yī)藥管理局實(shí)驗(yàn)室4個(gè)；吉林省發(fā)展與改革委員會(huì)研究中心1個(gè)；吉林省工業(yè)信息化廳科技孵化基地1個(gè)；校企共建聯(lián)合研發(fā)中心3個(gè)；國(guó)際合作聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室1個(gè)。

學(xué)校現(xiàn)有高級(jí)專(zhuān)業(yè)技術(shù)職務(wù)人員508人，其中博士生導(dǎo)師69人，碩士生導(dǎo)師422人。

截至2011年9月，學(xué)校在讀研究生共計(jì)2819人。其中，在讀全日制碩士研究生2280人、博士研究生219人，在讀專(zhuān)業(yè)學(xué)位碩士生305人，具有研究生畢業(yè)同等學(xué)力人員申請(qǐng)碩士學(xué)位15人；在站博士后人員44名；初步形成了多層次、多渠道、多類(lèi)型的研究生培養(yǎng)體系。