化工學(xué)院基于1964年成立的化工系，1998年7月3日由化工與生化工程系、應(yīng)用化學(xué)系和材料物理化學(xué)研究所合并成立化工學(xué)院，2000年9月8日原化工學(xué)院更名為材料科學(xué)與工程學(xué)院，2008年6月16日由化工與制藥工程系、生物工程與技術(shù)系和環(huán)境科學(xué)與工程系成立新的化工學(xué)院。現(xiàn)下設(shè)化工與制藥工程系、生物工程與技術(shù)系、環(huán)境科學(xué)與工程系和園藝系。

目前化工學(xué)院擁有一個國家一級博士授權(quán)點：化學(xué)工程與技術(shù)（下設(shè)生物化工、生物材料化工、化學(xué)工程與工藝及環(huán)境化工四個博士研究方向；化學(xué)工程、化學(xué)工藝、生物化工、應(yīng)用化學(xué)、工業(yè)催化、制藥工程六個碩士研究方向）；一級學(xué)科博士后流動站：化學(xué)工程與技術(shù)；一個一級碩士授權(quán)點：環(huán)境科學(xué)與工程（下設(shè)環(huán)境監(jiān)測與評價、水處理工程、大氣污染控制工程三個研究方向）；二個二級碩士點：生物化學(xué)與分子生物學(xué)、微生物學(xué)；一個國務(wù)院僑辦重點學(xué)科：生物化工。一個工程碩士領(lǐng)域：化學(xué)工程。八個本科專業(yè)：化學(xué)工程與工藝、制藥工程、生物工程、生物技術(shù)、園藝、環(huán)境工程、環(huán)境科學(xué)、環(huán)境生態(tài)工程。化學(xué)工程與技術(shù)一級學(xué)科是福建省特色重點學(xué)科和福建省重點學(xué)科，環(huán)境工程專業(yè)為福建省高等學(xué)校服務(wù)產(chǎn)業(yè)特色專業(yè)。

化工學(xué)院擁有福建省生物化工技術(shù)重點實驗室、化學(xué)生物學(xué)與分子工程福建省高校重點實驗室、福建省工業(yè)廢水生化處理工程技術(shù)研究中心、廈門市海洋生物資源綜合利用工程技術(shù)研究中心、省級實驗教學(xué)示范中心“基礎(chǔ)化學(xué)化工實驗中心”以及“新一代物質(zhì)轉(zhuǎn)化研究所”等10個校、院級研究機構(gòu)。

化工學(xué)院匯聚了一批學(xué)緣結(jié)構(gòu)合理、教學(xué)經(jīng)驗豐富、具有科研潛力的教學(xué)科研人員，現(xiàn)有教職工117人，其中專任教師93人，教授23人，副教授26人，博士生導(dǎo)師13人。擁有一批具有較高學(xué)術(shù)聲譽的領(lǐng)軍人才，其中雙聘院士2人，教育部“新世紀優(yōu)秀人才支持計劃”1人，福建省“百人計劃”2人，福建省“外專百人計劃”2人，國家高端外國專家1人，廈門市雙百計劃1人。

化工學(xué)院面向全國和境外招生，面向境內(nèi)通過全國高考本科一批或提前批招生，面向境外通過兩校(與暨南大學(xué))聯(lián)招、參加教育部的全國聯(lián)招或單獨招生。目前全日制在校生約1600人，其中本科生約1400人，碩士生約200人，博士生29人。

化工學(xué)院緊密結(jié)合國家和海峽西岸經(jīng)濟區(qū)經(jīng)濟社會發(fā)展的重大需求開展創(chuàng)新研究，成果顯著，5年來共承擔(dān)了國家自然科學(xué)基金海峽聯(lián)合重點項目、面上項目，及國家海洋公益性行業(yè)科研專項項目等國家級項目39項；高校博士點基金博導(dǎo)項目、福建省重大、重點、自然科學(xué)基金等省部級課題70余項；服務(wù)地方企事業(yè)合作橫向課題50余項；廳級、校級及其它各類科研項目100余項；累計科研經(jīng)費5000多萬元；發(fā)表的論文被SCI、EI收錄200余篇；申請中國發(fā)明專利獲授權(quán)60余項；獲福建省、廈門市及泉州市科學(xué)技術(shù)獎近10項。

化工學(xué)院的國際交流不僅包括與國（境）外高校合作辦學(xué)、互派交換生，邀請專家來訪交流合作，派出教師參加學(xué)科主流國際會議、到國外名校訪學(xué)進修等，目前化工學(xué)院還致力于組建中外聯(lián)合實驗室、申報中外合作項目等工作。2013年化工學(xué)院與瑞典烏普薩拉大學(xué)簽署合作交流協(xié)議，開展生物教育合作；泰國農(nóng)業(yè)大學(xué)、臺灣聯(lián)合大學(xué)、中原大學(xué)來訪開展教學(xué)與科研合作交流。連續(xù)兩年邀請美國三院院士哈佛大學(xué)David Weitz教授來訪講學(xué)并頒發(fā)榮譽教授證書，近五年來累計邀請美國科學(xué)院、工程院、藝術(shù)與科學(xué)學(xué)院院士、澳大利亞工程院院士、法國國家藥學(xué)科學(xué)院院士、捷克科學(xué)院院士、華盛頓大學(xué)波音教授等20余名國（境）外專家來訪講學(xué)交流。近五年來派出化工學(xué)院骨干教師連續(xù)參加美國化學(xué)工程師協(xié)會（AIChE）年會、國際化工與過程工程大會（CHISA）、美國化學(xué)學(xué)會（ACS）年會、世界生物材料大會（WBC）等國際主流會議并做口頭報告或邀請報告等20余人次，與美國哈佛大學(xué)、麻省理工學(xué)院、密西根大學(xué)、伊利諾伊大學(xué)香檳分校、佐治亞理工學(xué)院、MD安德森癌癥中心，加拿大滑鐵盧大學(xué)、拉瓦爾大學(xué)，瑞典于默奧大學(xué)及瑞士農(nóng)科院等成功建立了良好的國際合作交流關(guān)系。

化工學(xué)院的辦學(xué)定位為扎根廈門，立足福建，同時面向海內(nèi)外，打造為省內(nèi)一流，國內(nèi)外有一定影響力，具有本、碩、博三個層次的人才培養(yǎng)以及博士后研究的教學(xué)研究性學(xué)院。

在新的發(fā)展時期，化工學(xué)院將秉承和實踐“科學(xué)、民主、拼搏、創(chuàng)新”的理念，勵精圖治，團結(jié)奮斗，不斷提高教學(xué)、科研、管理水平和人才培養(yǎng)水平，實現(xiàn)“科學(xué)建院，民主治院，拼搏興院，創(chuàng)新強院”，為國家的繁榮昌盛做出更大的貢獻。