農(nóng)學(xué)院的前身是始建于清末的京師大學(xué)堂農(nóng)科大學(xué)農(nóng)學(xué)門，已經(jīng)有111年的歷史。1949年由北京大學(xué)農(nóng)學(xué)院、清華大學(xué)農(nóng)學(xué)院、華北大學(xué)農(nóng)學(xué)院相關(guān)院系合并組建為北京農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)藝學(xué)系，并設(shè)置相應(yīng)的本科專業(yè)。1952年，隨著全國性的高等學(xué)校院系調(diào)整，將原來的系和專業(yè)調(diào)整為農(nóng)學(xué)系（設(shè)農(nóng)學(xué)專業(yè)）。1958年，學(xué)校進(jìn)行系和專業(yè)調(diào)整，調(diào)整為農(nóng)學(xué)系，設(shè)農(nóng)學(xué)專業(yè)、農(nóng)業(yè)植物生理及生物化學(xué)專業(yè)、作物遺傳選種及良種繁育專業(yè)。

1986年學(xué)校進(jìn)行機(jī)構(gòu)改革和院系調(diào)整，設(shè)農(nóng)學(xué)系，包括農(nóng)學(xué)專業(yè)、作物遺傳育種專業(yè)、農(nóng)業(yè)氣象專業(yè)。1995年學(xué)校將農(nóng)學(xué)系、園藝系、植物保護(hù)系合并為植物科技學(xué)院，按照農(nóng)學(xué)專業(yè)、作物遺傳育種專業(yè)、植物病理專業(yè)、農(nóng)業(yè)昆蟲專業(yè)、果樹專業(yè)、蔬菜專業(yè)、觀賞園藝專業(yè)等專業(yè)招生培養(yǎng)。1999年，學(xué)校又將植物科技學(xué)院調(diào)整為作物學(xué)院、植物保護(hù)學(xué)院和園藝學(xué)院。2002年作物學(xué)院新增種子科學(xué)與工程專業(yè)。2002年，學(xué)校大規(guī)模進(jìn)行院系調(diào)整，將作物學(xué)院、植物保護(hù)學(xué)院和園藝學(xué)院合并為農(nóng)學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院，農(nóng)學(xué)院現(xiàn)設(shè)有農(nóng)學(xué)系、植物遺傳育種學(xué)系、植物病理學(xué)系、昆蟲學(xué)系、果樹學(xué)系、蔬菜學(xué)系和觀賞園藝與園林系等7個(gè)教學(xué)機(jī)構(gòu)。

2015年，學(xué)校將農(nóng)學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院調(diào)整為農(nóng)學(xué)院、園藝學(xué)院、植物保護(hù)學(xué)院。

農(nóng)學(xué)院下設(shè)作物生態(tài)與農(nóng)作學(xué)、作物生理與栽培學(xué)、植物遺傳育種與種子科學(xué)、作物基因組與生物信息學(xué)4個(gè)系和1個(gè)植物生產(chǎn)類實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心，另設(shè)區(qū)域農(nóng)業(yè)發(fā)展、作物生理與栽培、作物化控、生物質(zhì)工程、玉米、小麥、水稻、特用作物以及種子科學(xué)與技術(shù)9個(gè)研究中心。農(nóng)學(xué)院現(xiàn)有農(nóng)學(xué)、種子科學(xué)與工程2個(gè)本科專業(yè)，7個(gè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，5個(gè)博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，依托作物學(xué)國家一級重點(diǎn)學(xué)科，所含的2個(gè)二級學(xué)科作物遺傳育種學(xué)、作物栽培學(xué)與耕作學(xué)也均為國家級重點(diǎn)學(xué)科。

農(nóng)學(xué)院擁有強(qiáng)大的師資隊(duì)伍和雄厚的科研力量，現(xiàn)有教授44人、副教授37人，其中，中國工程院院士1人、“長江學(xué)者獎勵計(jì)劃”特聘教授3人、國家杰出青年科學(xué)基金獲得者10 人，“973”首席科學(xué)家2人，國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃首席科學(xué)家5人，國家級教學(xué)名師1人，“萬人計(jì)劃”教學(xué)名師1人，北京市教學(xué)名師2人，國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位科學(xué)家8人，“青年千人”4人，國家優(yōu)秀青年基金獲得者4人，教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才”10人，北京市糧經(jīng)作物創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)崗位專家1人，國家自然科學(xué)基金創(chuàng)新群體1個(gè)，國家級教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè)，國家級精品課程2門，教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1個(gè)，111引智基地1個(gè)。擁有功能齊全、設(shè)備先進(jìn)的國家玉米改良中心、教育部雜種優(yōu)勢研究與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)業(yè)部農(nóng)作制度重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等10個(gè)國家及省部級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室或工程中心，年均科研經(jīng)費(fèi)約1億元。在北京、河北、吉林、海南等地建有試驗(yàn)農(nóng)場，與多個(gè)科研院所和企事業(yè)單位共建學(xué)生實(shí)習(xí)基地。